FC Seoul

Pada tahun 2006, dia membuat penampilan sulungnya dalam Liga K. Pada tahun 2007, Şenol Güneş menyertai FC Seoul sebagai pengurus. Pada tahun itu, Lee Chung-yong mula menembusi skuad utama, bermain dalam 15 perlawanan liga dan menjaringkan tiga gol.

Pada tahun berikutnya, dia meletakkan dirinya sebagai pemain tetap FC Seoul, bermain 22 perlawanan liga dan menjaringkan lima gol. Pada tahun 2009, Lee meneruskan aksi cemerlangnya dan membuat tiga bantuan gol ketika menentang Chunnam Dragons pada 7 Mac 2009. Pada 4 April 2009, dia menjaringkan gol kemenangan ketika menentang Suwon Samsung Bluewings.

Bolton Wanderers

FC Seoul mengesahkan bahawa Lee Chung-yong telah bersetuju dengan perjanjian untuk menyertai Bolton Wanderers. Perpindahan itu disahkan pada 14 Ogos 2009.[3] Dia membuat penampilan pertamanya untuk Bolton pada 15 Ogos 2009 ketika kalah 1–0 kepada Sunderland di Stadium Reebok dan menjaringkan gol pertamanya ketika menang 2-1 ke atas Birmingham City pada 26 September. Dia dinamakan sebagai Pemain Terbaik Perlawanan ketika menentang Tottenham Hotspur, membuat bantuan gol kepada Ricardo Gardner. Dia membuat bantuan gol kepada Ivan Klasnic ketika seri 3–3 dengan Manchester City di Stadium Reebok.[4]

Pada 25 November, dia menandatangani kontrak lanjutan, mengekalkannya di kelab itu sehingga tahun 2013.[5]

Semasa perlawanan persahabatan pra-musim menentang Newport County pada 30 Julai 2011, Lee mengalami patah kaki selepas kekasaran dari Tom Miller. Pada 4 Mei 2012, Owen Coyle menolak kemungkinan Lee beraksi pada musim itu,[6] tetapi dua hari kemudian, Lee kembali beraksi ketika seri 2–2 dengan West Bromwich Albion. Pada 29 Mei 2012, ia telah disahkan bahawa Lee telah menanadatangani kontrak baru, melanjutkan tempohnya di Reebok sehingga musim 2014–15.[7]

Dia menghabiskan musim 2012-13 dengan menjaringkan empat gol dan membuat tujuh bantuan gol dalam Championship. Lee kekal dalam Championship bersama Bolton untuk musim 2013–14.

Crystal Palace

Pada 2 Februari 2015, Lee menyertai Crystal Palace dengan yuran yang tidak didedahkan.[8] Kontrak Lee berkekalan sehingga bulan Jun 2018.[9]